Die Fassmer Werft in Berne wurde 1850 in Bardenfleth gegründet vom Bootsbauer Johann Fassmer. Ursprünglich baute er Holzboote für Fischer, Reeder und die umliegenden Bauern. 1920 wurde der Betrieb um den Sohn, dem Bootsbaumeister Friedrich Fassmer übernommen. Dieser begann damit Sportboote aus Holz zu bauen. Im Jahr 1920 verstarb der Gründer Johann Fassmer, fortan führte der Sohn den Betrieb alleine. Neu hinzugekommen sind Beiboote für die Marine. Im Jahr 1938 fertigte die Fassmer-Werft die ersten Stahlboote, zehn Jahre später folgten Leichtmetallboote und ab dem Jahr 1958 fertigte die Werft auch Boote aus Kunststoff. Das erste Seenotrettungsboot wurde im Jahr 1956 gebaut, mit Porsche Motor.
1960 baute man den heutigen Standort in Berne-Motzen. 1965 wurde der komplette Betrieb nach Motzen verlegt. Ab dem Jahr 1974 wurde begonnen damit, Feuerlöschboote, Rettungsboote und Schwerlast-Fähren zu bauen.
Anfang der neunziger Jahre begann die Werft mit Holger Fassmer und Harald Fassmer geschlossene Rettungsboote und Tenderboote für Kreuzfahrtschiffe zu bauen. Noch heute ist das ein großes und wichtiges Standbein der Werft. Abnehmer sind neben AIDA Cruises (Sphinx-Klasse) auch Norwegian Cruise Line, TUI Cruises, Royal Caribbean und andere große Reedereien die auf der Papenburger Meyer Werft ihre neuen Kreuzfahrtschiffe bauen lassen.
Ein weitere großes Standbein sind die Seenotkreuzer für die DGzRS. Die Fassmer Werft baut nahezu alle Seenotrettungsschiffe für die deutsche Gesellschaft zur Rettung Schiffbrüchiger.